在日本，由于城鎮化程度高且人口密集，學生們上學主要依靠的是公共交通工具，校車的使用并不普遍。最主要利用者，是距離公交車站較遠的私立學校、地廣人稀或山路居多的鄉村地區的公立學校，以及接受殘障學生的特殊學校等。除了特殊學校的校車會加裝方便殘障人士乘坐的設備之外，日本的校車與普通巴士基本沒有區別。

　　在東京，經常可以看到顏色鮮艷、車體上印著各種卡通圖案的面包車或中巴車緩慢地行駛在街頭巷尾，這些幼兒園的校車常以這類裝飾來吸引小朋友的喜愛和引起過往車輛和行人的注意。在日本一般只有私立幼兒園才有校車，家長為了節省接送孩子上學的時間，大多傾向于讓自己的孩子乘坐校車。因此日本的幼兒園校車座位經常處于供不應求的狀態。但校方嚴格遵守法律規定的核載人數，絕對不會讓校車多坐一個孩子。所以在日本，進幼兒園需要排隊，入園后坐校車仍然需要排隊。

　　日本的校車運行方式大致可分為學校運營型、地方政府運營型、專用巴士委托型、專用巴士包車型和時段包車型等五種：

　　(1) 學校運營型：由學校自己購買車輛并聘用司機，其中公立學校購車時除了會獲得教育經費補貼外，還會得到地方財政以及彩票收入的支持，而私立學校購車時也可以得到部分國家補貼，日常運行費用則主要來源于學生的乘車費或學校自己的預算。日本幼兒園的校車大多采用學校運營的方式。

　　(2)地方政府運營型：是指在一些人口稀少的地區，地方政府購買車輛并聘用司機或者直接讓工作人員擔任司機的方式。地方政府在購買校車時，教育部將承擔大部分費用。由于偏遠地區的學生上學確實存在不便，因此這種校車的運行費用也主要靠中央或地方政府的財政補貼而不需要利用者承擔。

　　(3) 專用巴士委托型：是指由學校或地方政府購買校車，然后委托給專業的民間業者負責運行的方式。由于此舉可以省去學校或地方政府的運行成本，目前在日本國內日漸普及。

　　(4) 專用巴士包車型：是指學校直接向大巴公司包一輛校車并在車體上印上該校的名稱，校車的購買和運行全部由大巴公司負責，校方只需提出運行路線即可。不過，如果大巴公司運行這一校車出現虧損，校方或地方政府必須予以補償。

　　(5) 時段包車型：是指學校在每天上下學的時間段向大巴公司包一輛普通巴士作為校車使用，這種沒有印上學校名稱的巴士已經算不上嚴格意義上的校車。